Հայաստանի կառավարությունը որոշել է ՀԱՊԿ գլխավոր քարտուղարի պաշտոնի համար առաջարկել հանրապետության նախկին պաշտպանության նախարար (1999-2000 թթ.) գեներալ-լեյտենանտ Վաղարշակ Հարությունյանի թեկնածությունը:
62-ամյա Վաղարշակ Հարությունյանը տարբեր տարիներին զբաղեցրել է Հայաստանի հերքին գործերի փոխնախարարի, ԱՊՀ միացյալ զինված ուժերի գլխավոր հրամանատարության շտաբի պետի տեղակալի, ԱՊՀ մասնակից պետությունների ռազմական համագործակցության կոորդինացման շտաբի պետի տեղակալի պաշտոնները:
Հայաստանի նախագահ Ռոբերտ Քոչարյանի (1998-2008 թթ.) հետ կոնֆլիկտից հետո՝ կապված 1999 թ. հոկտեմբերի 27-ին ՀՀ Ազգային ժողովում իրականացված ահաբեկչություն հետ, նա գեներալ-լեյտենանտից աստիճանազրկվել էր գեներալ-մայորի, իսկ այնուհետև հեռացվել էր պաշտոնից:
Ավելի վաղ Հայաստանի ՀՔԾ-ն մեղադրանք էր առաջադրել ՀԱՊԿ գործող գլխավոր քարտուղար Յուրի Խաչատուրովին 2008թ. մարտի 1-ի ցույցերը ցրելու գործի շրջանակներոմ: Յուրի Խաչատուրովի հետ մեկտեղ մեղադրանք է ներկայացվել նաև Հայաստանի նախկին նախագահ Ռոբերտ Քոչարյանին:
Յուրի Խաչատուրովը ՀԱՊԿ գլխավոր քարտուղար է նշանակվել 2017 թ.՝ երեք տարի ժամկետով: